قرية قديمة كان بها بيت لعبادة الآلهة والأصنام، أسّسها ملك وثني هو الملك حانون، وكانت مصيفاً له، جرت بينه وبين الملك اليافي حروب طويلة حتى أهلكا بعضهما، فأنشئ له تمثال وضع في بيت العبادة؛ فاشتهرت القرية باسم "بيت حانون".

وورد في تاريخ بئر السبع في سنة 720 ق.م أن سرجون مشى بجيوشه إلى جنوب فلسطين فأخضع أهلها لحكمه.

ودخل أهلها الإسلام منذ الفتح الإسلامي، وقد جرت فيها وقائع وحصلت نواحيها معارك دموية لأنها باب غزة الشمالي، وفي الأحد الرابع عشر الأول من عام 637هـ وقعت حرب بين الفرنجة والمسلمين، هزم فيها الفرنجة، كما تذكر البلاطة المثبتة فوق مسجد القرية الذي بُني خصيصاً لذكرى هذه الموقعة، وسمي مسجد النصر إحياءً لذكرى هذه الوقعة. وقد تعرضت مدينة بيت حانون لقدر كبير من التدمير على يد الجيش الإسرائيلي خلال سنوات الانتفاضة الثانية، حيث قام الجيش الإسرائيلي باجتياح البلدة مرات كثيرة، فضلاً عن تجريفه لمساحات كبيرة من أراضيها الزراعية وقصفه المتكرر للمنطقة.

وكان من أشهر عمليات القصف ذلك القصف الذي قامت به المدفعية الإسرائيلية في 8 نوفمبر 2006 والذي أحدث مجزرةً وقع فيها 19 شهيد مدني منهم 13 من نفس العائلة فضلاً عن 40 جريح. وفي يوليو 2014 خلال الحرب على غزة 2014، تعرضت المدينة إلى هجوم عنيف من قبل جيش الاحتلال الإسرائيلي الذي اجتاح المدينة ودمر الآلاف من منازلها بعد أن اضطر سكانها للجلاء عنها قسرا وتحت قذائف الدبابات والطائرات.

وبعد انتهاء الحرب تكشف حجم الكارثة حيث أن أحياء كاملة مثل حي المصريين ومنطقة حي أبو عودة كانت قد دمرت بالكامل. وقد أوى سكان بيت حانون كما هو الحال في غيرها من المدن الفلسطينية الحدودية إلى مدارس وكالة الغوث في مناطق أبعد عن القتال.